In den Voreinstellungen unter dem Punkt Generelles kann eine eigene Dateiendung für die Einträge eingestellt werden.
Hinweis: Bei Änderung der Dateiendung werden bestehende Einträge in Notizbüchern nicht geändert, auch deren Dateiendung nicht. Daher werden Einträge, die nicht die neu gesetzte Dateiendung haben, nicht in Note-C angezeigt.
Die Einträge in Note-C können auch im Textbundle-Format gespeichert werden. Textbundle-Dateien sind keine einfachen Dateien im herkömmlichen Sinn, sondern als Dateien getarnte Verzeichnisse, die alle notwendigen Informationen und zusätzlichen Dateien enthalten, wie z.B. Anhänge. Das Textbundle-Format in Note-C funktioniert mit allen in Note-C unterstützten Markup-Sprachen. Um das Textbundle-Format zu aktivieren, muss die Auswahlschaltfläche in den Voreinstellungen von Reinen Text auf Textbundle umgestellt werden. Weitere Informationen zum Textbundle-Format können auf der offiziellen Textbundle-Projekt-Seite nachgelesen werden.